Jack Carver es el héroe de la saga de videojuegos de disparo Far Cry, miembro de los Marines, ha sido despedido por su participación en una serie de casos ilegales.

A continuación, abre una tienda en Manhattan y hace un tráfico de armas hasta que una banda utilizando las armas suministradas por Jack ataque la mafia.

Como consecuencia de eso, la mafia le quiere muerto y él se ve obligado a huir de los Estados Unidos y se va a Micronesia. Allí decidió tener su propia empresa de barcas.

Es entonces empleado por una periodista llamada Valerie Constantine para escotarla en un misterioso archipiélago, que fue ocupado por los japoneses durante la segunda guerra mundial.

Jack acepta, pero antes de que el barco llegue a la isla, es destruido por un cohete disparado por una fuerza armada que ocupa la isla. Jack sigue en contacto por radio por una persona extraña llamada Doyle, que parece saber mucho sobre la isla y sus habitantes.

Mientras Jack comienza buscando Valerie, que ha desaparecido desde el ataque del barco, descubrió que investigaciones científicas en genética se realizan en la isla con el fin de crear una raza de súper-soldados...